En el año 2003, Peñarol logró conquistar un Campeonato Uruguayo muy especial, ya que el equipo aurinegro pasaba por épocas complicadas desde lo deportivo, desde lo económico y necesitaba cortar con el tricampeonato que ostentaba Nacional, su tradicional rival, que había dominado en las temporadas del 2000, 2001 y 2002.
Para encarar aquel año, el Carbonero apostó a un joven Diego Aguirre como entrenador, que venía de hacer una gran campaña con Plaza Colonia. Se trataba de una figura emblemática para el club mirasol, ya que se trataba del ex futbolista que le había dado a Peñarol su quinta Copa Libertadores en el año 1987 con aquel infartante gol al América de Cali en Santiago de Chile.
Además, José Pedro Damiani, en aquel entonces Presidente de la institución, buscó sacudir el mercado local e incorporó al paraguayo José Luis Chilavert para defender el arco del equipo aurinegro. La llegada del legendario guardameta le quitó protagonismo a Pablo Javier Bengoechea, que perdió el capitanato del equipo y fue relegado al banco de suplentes.
Aquel año no arrancó bien para Peñarol, ya que Nacional se quedó con el Torneo Apertura sacándole 6 puntos de ventaja a los aurinegros, que terminaron segundos. En el Clausura, el equipo de Aguirre realizó una gran campaña obteniendo el título y quedándose además con la Tabla Anual, algo que le permitió llegar con ventaja deportiva a la definición.
La final entre aurinegros y tricolores se definió a favor del Manya, que se impuso por 1 a 0 con un tiro libre de José Luis Chilavert que Jorge Bava despejó a medias, y que Joe Emerson Bizera llegó a definir de cabeza para mandar la pelota al fondo de la red.
Aquel día, el Carbonero formó con José Luis Chilavert; Marcelo De Souza, Joe Bizera y Alejandro Lago; Edgar Álvarez (52′ Leonel Pilipauskas), Nicolás Rotundo, Fabián Césaro (43′ Luiz Nunes), Gabriel Cedrés y Cristian Rodríguez; Fabián Estoyanoff (65′ Martín García) y Carlos Bueno.
El Campeonato Uruguayo 2003 fue el primero de Diego Aguirre como Director Técnico de Peñarol, pero esa final, disputada el 4 de diciembre de aquel año, marcó el retiro de Pablo Javier Bengoechea del fútbol profesional y la última función de Chilavert con la casaca aurinegra.